这次新型冠状病毒如何被注意到的？mNGS首功！

最重最初最初型冠状HIV是如何被辨认出的？弘颇高通量颇高通量（mNGS）首当其功！当年SARS，坚称过芽孢、细菇、HIV等接种，最后想到了很贵下才辨认出是冠状HIV接种。如今mNGS问世，扭转了感染性感染性体学的病患最初格局！这次从所发病到病患，只有较长较长几天近隔时近！请注意就非常简单介绍一下mNGS.

最近三十年，第一组学研究成果一直是热点，最初是颇高通量学，然后是生功用科学，如今最初兴第一组学领域则是被视为最有前景的弘颇高通量学（Metagenomics）。弘颇高通量学（Metagenomics）又叫感染性体生态颇高通量学、元颇高通量学，通过这样一来从生态探针里面萃取全部感染性体的DNA或RNA，构建弘颇高通量文库，利用颇高通量学的研究成果作法研究成果生态探针所包含的全部感染性体的遗传都是由、群落动态，并可开所发重最初生理活性功用质（或赢得最初遗传功用质）。

2014年最初英格兰医学杂志引述了一个通过弘颇高通量借助于检校准自愈了一位因素尚未公开、反复所发热、较强癫痫及脑积水症状的14岁小孩子的案例，这是历史上首个弘颇高通量针灸广泛应用尝试的案例。较长文引述这个常规疗法及感染性筛查都没人有肺炎因素，随后对脑脊水银检验mNGS筛查，结合生功用调谐学归纳结果辨认出一种嫌犯的病因菇leptospira infection，随后计划性地使用万古霉素和红霉素吡醛疗法后病情恶化。该团队表明这是一种尚尚未引述过的感染性感染性体。由此，针灸弘颇高通量在此之前广泛应用以感染性体病患拉开了顶棚。详细资料方知：NEJM：最初一代颇高通量关键技术挽救危重病小孩子

随着遗传功用质颇高通量关键技术的快速所发展，基于二代颇高通量的弘颇高通量学（弘颇高通量颇高通量）带入了针灸的关注点。弘颇高通量颇高通量（mNGS）是调谐化归纳来自患者检验的感染性体和寄主的遗传功用质功用质（DNA和RNA）的方式，广泛应用以多种接种性癌症的病患、癌症和肥胖症情况下下感染性体学归纳、全人类寄主重排对接种传播者的不同之处化、识别常为关HIV。弘颇高通量颇高通量（mNGS）描绘出了检验里面存有的所有DNA或RNA调谐，从而只能归纳整个感染性体第一组以及患者检验里面的全人类寄主颇高通量或转录第一组，让病因感染性体无所遁形。

在针灸接种性菇株探究的过程里面，针灸药剂师时一般来知道遭遇最初所发菇株常常想不到、疑难接种菇株忘了、或者由于检校准关键技术受限想到没人检校准到的困境，既有的针灸借助于病患方式与针灸的急切无需求之近还存有着巨大的分野。而mNGS (弘颇高通量学二代颇高通量关键技术) 在“理论上”只能回答针灸药剂师的上述无论如何，今后已妥善解决针灸接种性癌症诊治的其余部分困难。

mNGS作为一种不无需培养出来的最初型关键技术，可以深入快速深入研究接种菇株，常为比有别于培养出来方式拥有很低依赖性的同时又与“精密诊疗”的思路常为新颖。Gyarmati 等在2016年所发表的一篇文献里面指出，mNGS可以这样一来从血水银检验里面深入研究必须培养出来的、苛养的以及非细菇 (HIV和真菇) 菇株。除此之外，mNGS可以用以传染病传染病，较强这样一来从针灸检验里面获的菇株传播者线索的潜力。2014年，Hasman等指出mNGS可用以唾水银检验里面菇株以及耐药遗传功用质的检校准，而且不仅耐药遗传功用质的检校准结果与药敏科学研究保持一致，也与基于纯培养出来功用的全颇高通量颇高通量 (S) 的进化归纳结果常为匹配。越来越多的案例以及针灸研究成果指出mNGS用以针灸病患的有效性以及诸多优势，使得mNGS带入平庸菇株病患方式的“热门当选者”。

mNGS有哪些用途呢？

请注意这张图很好地概括和知道明了。二代颇高通量不仅可以用以感染性学检校准，也可以在感染性培养出来后做深度的二代颇高通量，甚至全颇高通量归纳。现在主要用以针灸的还是针灸头颅骨感染性学检校准，通过检校准可以知道头颅骨里面所含的菇株。如果颇高通量量只能进一步跃进，它除了可以把头颅骨里面里所有感染性体的脱氧核糖核酸校准出来外，也可以把人体暗示的所有RNA校准出来，帮助确实定植或者接种。比如残留物假单胞菇校准出来后，人体有没人有针对它产生炎症重排，还可以确实是定植还是接种，但今后还在探索阶段，尚常规尚未用以针灸。

对于混和接种，mNGS也有天然的优势

对于混和接种的病患，与有别于方式常为比，NGS较强很低的依赖性。

然而，在踏出光明坦途，为针灸提供“一站式”妥善解决方案之前，mNGS仍有一段崎岖小路无需艰难前进。首先，遭遇血水银、腹痛水银、脑脊水银、一个第一组织、拭子等频频杂杂的头颅骨各种类型，如何建立统一的脱氧核糖核酸萃取标准规范使得菇株的检校准准确度举例来知道困难重重。寄主脱氧核糖核酸也是干扰菇株检校准的一大心理因素，在脱氧核糖核酸萃取节目会，怎么样做到有效地去掉寄主脱氧核糖核酸，可溶性菇株脱氧核糖核酸，进而减少mNGS的颇高频率也是头疼之一。

在颇高通量节目会，如何依据关注的菇株各种类型必无需合适的颇高通量作法？如何各种因素颇高通量深度、下单近隔时近以及所无需政治经济开所发成本等诸多心理因素？这些问题直到现在是今后面临的巨大的终究。

另外，在科学研究节目会转到质控检验不可或缺。平庸的质控应适用以各不常为同接种症候群以及对应的各种检验各种类型，包括比如知道质控、比如知道质控以及转到感染性菇或纯DNA的人工模拟质控检验。然而，mNGS全面覆盖的框架结构功能性为选取何种感染性菇作为比如知道质控缩减了难度，针灸实践中里面又该如何换取经过审核的颇高容量比如知道对照检验也是问题之一。

在生功用调谐特别，近来有研究成果审计了各不常为同的生信归纳方式的成败。既有的方式不仅正则暗示式存有关联，而且所用的资料库也各有各不常为同，致使在菇株深入研究能力以及常为对金属量计数特别出现差别。在mNGS生信归纳流程考虑到统一标准规范的情况下，应用程式基于同样经验、可及性以及简便性用上生信归纳软体，会对科学研究重复性以及结果可靠性带来严重影响，带入mNGS的针灸标准规范化障碍。

因此，该研究成果全面性关注脱氧核糖核酸萃取和生功用调谐归纳两个重要节目会，对比审计三同样源寄主去掉试剂盒 (Ultra-Deep Microbiome Prep 、QIAamp DNA Microbiome Kit、Micro-DXTM) 以及多种既有商用或非商用生功用调谐工具的成败。

研究成果者搜集9个体水银 (腹膜水银、脓水银、关节水银、腹痛水银) 检验和1个骨一个第一组织头颅骨进行颇高通量，之后分别使用各不常为同的生功用调谐软体比如基于Unix系统 (Kraken、Metaphlan2和MIDAS)、基于网页版的商用或非商用 (BaseSpace、Taxonomer和CosmosID) 归纳软体与商用低阶 (CLC genomics Workbench)。他们辨认出各不常为同检验的下机键值及人源碱基占有比关联较大 (3.5%-98.9%)，其里面人源占有比与检验各种类型无关，与每个检验自身的功能性以及去寄主试剂盒的稳定性有关。

本较长文包括的mNGS生信归纳软体

以培养出来或MALDI-TOF为金标准规范，研究成果者审计计数了每种归纳软体的菇株深入研究整数以及其对应的比如知道、假比如知道、依赖性等值。在针灸实践中里面，最初关键技术无需要同时具备较强颇高依赖性和颇高比如知道预校准值 (PPV)。使用Kraken和Taxonomer这两个流行的软体可以看到其检校准到数十到数百种感染性体，计数赢得的PPV极低。虽然设为也就是知道过滤对妥善解决这一问题有益，但也就是知道究竟设为为多少仍存有争论。另外，软体无需调谐化使用多个值，如常为对金属量、颇高通量一般来知道、颇高通量覆盖率等借助于感染性菇的深入研究。

研究成果者也在比如知道质控检验里面检验1%的人苍白链球菇，他们归纳苍白链球菇的检验似乎是生态或检验近的污染、颇高通量试剂引入或生功用调谐归纳的模糊比对等因素致使。背景菇的问题也在多个研究成果里面被明确指出，这些检验的菇株在检验里面是否真实存有？污染、定植还是病因如何区分？关键技术技术开所发医护人员，生功用调谐医护人员、感染性体研究成果者以及针灸药剂师也面临着不断升级的终究。总结知道来，今后mNGS的针灸广泛应用面临如下四个终究：

遭遇如上的终究，我们也遭遇了一系列的无论如何。编者本期搜集了两个关于mNGS针灸研究成果者一般来知道谈到的问题，从今后关键技术所发展的本质出所发，得出如下的尝试性解答。

为什么有些检验培养出来比如知道了、脱氧核糖核酸检校准比如知道了、mNGS没人有检验来？这个关键技术不对不行？

任何针灸检校准都要再考虑公共卫生政治经济开所发成本，这也是最初关键技术mNGS的考量心理因素之一，使得今后mNGS政治经济开所发成本与颇高频率之近无需要各种因素。针灸检验较强更为颇高的确定性，而且很多菇株接种后含量很低或用药后取样导病因原数量减缓，在特典键值的情况下，靶感染性由于调谐太少而被遗失。

由于这些终究助长的检校准仅限于，常常就会促使针灸药剂师形成认识仅限于，所以我们听到针灸药剂师对mNGS动态的不认可的声音。虽然增大键值是暴力手段之一，但在公共卫生政治经济开所发成本的特典下总有前提。通过可溶性感染性菇，加大颇高通量键值，进而减少颇高频率；检校准长片段，进而减少特异性是我们与针灸今后以及尚更进一步倡议的方向。

针灸药剂师偶尔调谐mNGS检校准结果是一个菇株列表，到底哪个或哪几个感染性才是罪魁祸首？

多个感染性的检验主要如下两个特别因素：

mNGS关键技术正则暗示式存有较长碱基模糊比对，更是针对其余部分同源极低的类群，因此其在这类同源极低的类群里面形态学意义就打了实惠。如何妥善解决一个较长碱基同时比较到多种菇株问题呢？今后我们的技术开所发医护人员正在快速的开所发不同之处遗传功用质资料库，多整资料库的开幕他将会进一步减少感染性菇的恰当比对能力。

多感染性共接种、 原所发接种与继所发接种的多感染性接种或呼吸道分泌功用，肠道分泌功用开放框架本身的感染性体多样性等因素他将会致使多种菇株检验。这实际上不是关键技术本身仅限于，而是针灸医学问题。培养出来方式、质谱仪方式、多重PCR方式也会检验多个菇株，最终的病患结论无需要有针灸病患的常为关调谐介入、也无需要针灸接种药剂师的主导参与，必须仅靠检校准妥善解决一切问题。在充分精简报告的情况下，多菇株列表示范的优势作用在于一特别提供似乎的有效地线索，另一特别当有恰当清晰的针灸调谐时可以借助于针灸病患。

对于mNGS来知道，可以知道为感染性学病患又打开了一扇重最初窗户，我们一定要严肃的实践中，要知晓它的优势和以致于，但是拿到结果时要小心求证，掌控最初前沿。

完整说是：

Couto, N., Schuele, L., Raangs, E. C., Machado, M. P., Mendes, C. I., Jesus, T. F., ... & Autenrieth, I. B. (2018). Critical steps in clinical shotgun metagenomics for the concomitant detection and typing of microbial pathogens. Scientific reports, 8(1), 13767.

Gyarmati, P. et al. Metagenomic ysis of bloodstream infections in patients with acute leukemia and therapy-induced

neutropenia. Sci. Rep. 6, 23532 (2016).

Hasman, H. et al. Rapid whole-genome sequencing for detection and characterization of microorganisms directly from clinical